SK Seri Paya telah ditubuhkan pada 27 Februari 1946. Tapak asal sekolah ini di Rezab 8 berdekatan surau lama kampung Parit Seri Paya, kira-kira 3km dari bangunan sekolah yang ada sekarang.
Pengasas bangunan sekolah di tapak sekolah yang ada sekarang ialah Tuan Haji Nawi bin Hj Nasir dan Tuan Haji Jais bin Haji Rais. Bangunan sekolah yang abru ini telah dirasmikan oleh Tuan Syed Alwi, Nazir Sekolah Melayu Daerah Batu Pahat ketika itu. Guru besar pertama sekolah ini ialah En.Yahya bin Haji Abd Rahman.
Pada tahun 1981 bangunan sekolah telah ditambah dengan sebuah bangunan batu satu tingkat dibawah peruntukan Kementerian Pendidikan Malaysia. Pada tahun 2002 sekolah ini telah menerima peruntukan sebuah Makmal Komputer dan mula digunakan untuk pertengahan tahun 2003.
Lencana adn bendera sekolah telah dicipta oleh En Yaacob bin Hj Rais, Guru terawal yang berkhidmat disekolah ini. empat warna hijau, merah, putih, kuning membawa maksud tertentu. Warna hijau beerti kemajuan, kesuburan dan makmur, merah beerti semangat, putih melambangkan kejujuran dan keihklasan manakala kuning bermaksud keluhuran. Burung bangau yang terdapat di lencana merupakan lambang identiti Kampung Seri Paya.
